在国家项目和高新技术的推动下，我国抗虫棉研究和开发开始步入产业化发展的新阶段。其主要标志是：抗虫棉育种水平显著提高，新品种推出速度明显加快；新品种的经营推广方式从试种示范过渡到大面积推广，从研究所直接推广过渡到公司化、集团化、区域化、网络化的市场化运作。
    中棉所与中国农科院生物技术研究所合作，育成的中棉所41是我国第一个通过国审的、利用国产基因培育的转双价基因（Bt＋CpTI）抗虫棉；中棉所45是中棉所与生物技术研究所最新联合育成的双价转基因抗虫棉，代表了我国棉花育种的最高水平。据了解，我国从1999年开始大面积种植转基因抗虫棉，当时美国抗虫棉占95％。中棉系列抗虫棉的推广带动了全国抗虫棉的快速发展。到2003年，国产转基因抗虫棉已占我国抗虫棉种植面积的62％。
    在保持研究领域领先地位的同时，中棉所实施转基因抗虫棉种子产业化，以产权为纽带，利用现代企业组织形式和运作模式，整合我国棉种行业的资源和集团内部资源，组建“中棉种业（集团）股份有限公司”。近几年，中棉集团经营的棉花种子平均每年达1500万公斤，每年直接推广棉花新品种550多万亩，平均增产15％~25％，实现社会经济效益10亿元。