2.种植成本上升
近年来，由于物价上涨，棉花的种植成本也有所上涨。2010年棉花价格较高，种植面积有所上升，不过植棉成本也迅速攀升。2011年棉花产值为1995.1元/亩，其中总成本1584元/亩，净利润411元/亩。总成本中每亩物质与服务费用585元，同比上涨39%，人工成本782元，同比上涨9%，土地成本217元，同比上涨24%。物化成本中，种子50元，化肥165元，农药、农膜和农家肥200元，机械租赁150元，其他20元，均出现了不同程度的涨幅。棉花每隔15天就要修整一次，还要定期浇水，及时通风，且采摘期较长，棉农如果种植棉花，就无法外出打工。与此同时，国家政策对粮食种植补贴明显多于棉花。目前，农民种粮有良种补贴、种粮补贴、农资综合补贴，2011年每亩共计补贴98元。而政府对种棉补贴较少，仅有每亩15元的良种补贴，农民植棉意愿明显不如种植粮食作物。
3.质量得不到保证
我国分散的棉花生产决定了棉花质量差异较大。棉花质量受多种因素影响，棉种的选择至关重要，而国内研究棉花种子的机构数量繁多，研究水平参差不齐，且每年的棉花质量情况对比性不强，不利于棉花种植的长期稳定发展。棉农采摘棉花后，往往先在自家存放，存够一定数量后再统一出售。由于条件有限，存放过程中很容易掺入异性纤维，质量等级受到影响。另外，棉农售棉习惯也影响棉花的交售进度，大部分棉农都有存棉观望的心态，不仅影响了棉花的光泽和韧度，也影响了棉花的流通，不利于行业的健康发展。
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