国家在品种的控制上难以监管，由于棉花品种审定权下放，致使每年各级审定机构审定的新品种很多，截至2011年全国共有1300余种棉花品种通过鉴定，主栽品种近400种。由于棉花品质的下降，棉纺企业从质量上和价格上都倾向于使用进口棉，国储成了国内棉花的主要去向。
第三，我国棉花流通市场现行的双轨制流通体制也是影响我国棉花市场波动的重要原因。自1999年我国棉花流通体制改革以后，我国棉花市场实行市场化，在自由竞争的前提下通过国储调节市场，出现了计划和市场并存的棉花流通体制。这种市场结构在搞活市场的同时，也造成我国棉花流通市场的无序竞争、生产能力过剩以及棉花品质低下等问题。
第四，国际棉花对我国棉花市场的冲击。美国的棉花到岸价格比我国棉花的生产成本还低，导致我国棉花缺乏竞争力；同时，南亚地区依靠其廉价劳动力优势生产低成本棉花。因此，国内棉花企业更加愿意购买低价进口棉花。
那么，如何稳定我国棉花种植面积，降低棉花市场波动呢?
一是要规范我国棉花流通市场，提高棉花流通企业的准入门槛，淘汰小作坊式的企业，让大型企业在管理水平、技术、信用、品牌领域内展开竞争，形成一个稳固的棉花生产价值链。大力完善发展棉花期货市场，发挥期货市场风险管理作用。
二是要注重棉花收储制度的行业补贴性质，而不是让其简单成为棉花价值链上的利益重新分配制度。在制定收储价格时，首先要将收储价格与国际市场棉花期货价格、我国棉花生产成本、纺织品出口预期挂钩。同时国储在销售棉花时应注意参照国际市场的棉价。
三是大力推广棉花机械化采收，降低棉花生产成本。建议加大机采棉花品种的研发和推广力度;提高采棉机及相应辅助机械的补贴额度，扩大补贴机具种类和范围;加大对机采棉各环节的金融支持力度等等。
四是加大对行业的监管制度，保证棉花的品质。要加大对棉种市场的监管，严格新品种的审定，改变只重衣分、产量的育种导向，鼓励机采棉品种的培育与推广，提高行业准入门槛，改变棉花品种多杂的局面。
要改革现有棉花质量检测指标体系与定级制度，切实保证优质优价，引导农户主动注重棉花质量。为机采棉量身打造质检标准，现行普遍的做法是沿用手采棉的标准来确定机采棉的等级，不利于机采棉的发展，应加紧制定机采棉公检和使用标准，对纺织企业在原料的选择和配棉的使用上都起到积极的指导作用。
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