虽然棉农直补在棉花产业链的各方已经形成了初步的共识，但是也有专家学者对棉农直补表示不同的看法。
有业内专家发文分析说，棉农直补需要考虑到三个问题：一是政府即使给予了棉农补贴，但也无法能够确保棉农收益和稳定植棉面积。二是棉花的种植和销售不同于粮食，粮食一直由国家相关部门直接管理和调度，但棉花市场是完全放开，没有具体的主管部门负责，棉农直补到底由谁来牵头这是一个需要考虑的问题。三是即使给予棉农直补了，国内棉花价格是否能降下来？
“棉农直补的出发点是好的，是进步。过去的补贴事实上棉农并没有获益，也没有起到补贴的作用。”东华大学教授顾庆良说。
在顾庆良看来，棉农直补操作起来有非常大的难度。“补贴的标准如何确定？在何种情况下进行补贴？中国棉农的分散性和个体化会给棉农直补带来很多困难。”
顾庆良分析说，直补若能实施，一定程度上提高价格竞争力，有可能提高农民收益，但不能解决棉农生产效率问题，不能解决供需均衡问题，相反，甚至还有可能增加供应波动，可能造成棉粮比较收益扭曲，这些都是需要认真仔细考虑研究的问题。
“棉农直补需要有一个很好的直补机制设计，而且必须全面考虑。”顾庆良说。
对于棉农直补的呼声，国家相关部门也高度重视。
“能不能给农民搞直补，我们也在千方百计地想往前迈出这一步，但是这不是喊口号就能做到的。”国家发改委经贸司处长张显斌在一次行业会议上表示，按照美国的做法，短时间内还是比较难，但是这并不说明这条路走不通。
“如果我国棉花种植形成一定规模和国家的财力能够允许的话，我们会逐步加大这方面的力度。”张显斌说。
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