据报告称,灌溉水资源匮乏程度大于预期,严重影响了爱琴地区的棉花生产,许多农民在播种之前就担心水资源不足,从而改种其它作物,如玉米。在 Cukurova 地区,由于回报率较高,农民也把棉田改种了玉米,尤其是有些人担心虫害的侵袭,因为飞机喷洒药物被禁止。虽然水资源形势好于其他地区,但高温使得 GAP 地区的产量受到严重影响,因此,部分棉田改种了小麦和玉米。由于预期中的高温和灌溉水资源匮乏,为了在将来夺得高产,土耳其农民必须采用滴灌技术和种植耐旱品种。
此外,据称,2006年秋季采棉季节雨水过多,导致损失大于预期,总产量大约减少至850,000 吨(390万包)。所有地区棉花成熟期和采棉时间较正常年份提前了两周;到目前为止,采棉季节的天气非常好。爱琴地区采棉已经结束,Cukurova 地区采棉基本结束。在 GAP 地区,采棉正在进行中。尽管缺少经验,但土耳其棉农普遍发现机器采棉较手工采棉成本更低,在部分地区,有90%的棉花用机器采摘。