惟尼加拉瓜并非具有完全优势,在能源及运输成本上,尼加拉瓜则高于其它国家。在工业用电方面,尼国电费为中美洲最高者,每度为0.26美元,而宏都拉斯及巴拿马则各为0.24美元及0.23美元。在运输成本上,依据世界银行Doing Business 2015年报告,尼加拉瓜加工区出口运输成本平均每货柜为1,140美元,多明尼加1,040美元,海地1,200美元,哥斯大黎加1,020美元。而在进口运输成本上,尼加拉瓜亦高于其它邻近国家,进口货柜平均每柜成本为1,250美元,而萨尔瓦多则仅需1,030美元。上述运输成本高的主因是尼加拉瓜在大西洋岸缺少适当海港,向东出口之货柜皆须借用宏都拉斯的Cortés港,造成成本增加约800美元。